1 ponto importante:
- ROM's são ilegais. Seja lá o que for que digam no site, ROM's são ilegais.
Quando fez o download da ROM, era um ficheiro compactado certo?? Provavelmente quando descompactou vinham dois ficheiros dentro, em vez de um.
Quanto ao problema, se a ROM correr sem erros, pode simplesmente esquecer que viu essa mensagem. Se começar a dar erros, procure no manual do Emulador, pode ter alguma coisa.